Bazı kalıcı kalemler, esas olarak mürekkebe ve kalem kutusunun malzemesine bağlı olarak su geçirmezdir.
Genel olarak özel yağ bazlı mürekkeplerle formüle edilen markörlerin suya dayanıklılığı daha iyidir. Islak veya yağmurlu ortamlarda kullanıldığında bile yazılı metin su ile kolayca seyrelmez veya bulanıklaşmaz. Bu nedenle açık havada veya nemli ortamlarda kalem kullanması gereken kişiler için suya dayanıklı kalemleri tercih etmek oldukça önemlidir.
Ayrıca kalem kutusunun malzemesi de kalemin su geçirmezlik performansını etkileyebilir. Bazı işaretleyicilerin kabuğu, belirli su geçirmez özelliklere sahip olan ve mürekkebi nemden daha fazla koruyabilen bir polimer malzemeden yapılmıştır.
Ancak kalıcı işaretleyicilerin tümü suya dayanıklı değildir. Su bazlı mürekkeplere sahip bazı kalemler suyun etkisi altında soluk veya bulanık görünebilir. Bu nedenle tüketiciler, bir kalem satın alırken ihtiyaçlarına göre su geçirmez özelliğe sahip bir kalem seçmeli ve ürün açıklamasını dikkatlice kontrol etmeli veya mağaza görevlisinden su geçirmezlik performansını onaylamasını istemelidir.
